1、首先检查网站程序是否存在后门漏洞，如果存在首先进行漏洞修补，避免被人利用，其次检查相关密码权限是否满足复杂性的设置要求。
2、将网站源文件打包下载到本地，进行查杀，确认安全后还原恢复网站。
3、如果有历史备份最好将安全的历史备份上传还原恢复网站。
4、我们的虚拟主机还提供了权限控制功能，您可以通过拒绝写入、运行等权限的控制达到防范入侵的效果。
5、我司不提供在线杀毒，实时的文件病毒检查消耗大量的I/O时间，令到文件系统性能下降近30%，对于繁忙的云服务器，这是不可以接受的性能损失，所以不提供杀毒服务。
注意：网站被篡改不要着急，细心分析问题所在并解决
。
很不幸，前几天笔者的某个网站被挂马达一天之久，当然这也要怪笔者的粗枝大意，对于网站安全问题没有太过上心，以至让那些卑鄙的人得以有机可乘。但是，危机危机，有的人往往从危机里面看到危险，而有的人更愿意从危机里面看到机会，一切视乎你如何看待，幸好笔者还算一个愿意学习的人，于是花费了一段时间，初步了解什么是挂马。
一直以来，都听说过有网站被挂马然后被百度K掉的事情，然而万万想不到笔者自己的网站也有机会尝试被别人挂马，因为长久以来，笔者都认为挂马这样的事情和自己应该绝缘，毕竟网站纯粹提供学习资讯，和其他人没任何竞争可言，但事后笔者才醒悟，其实挂马与否，并非因为是否对方的竞争对手，对方要黑掉你的网站，而是挂马后可以赚钱，于是才有一些黑客不惜一切代价入侵他人网站并挂马。
一、浏览被挂马网站的后遗症
笔者在这里简单介绍一下，相信喜欢上网的朋友都应该试过当自己进入一个陌生网站后，突然无端端出现大量软件并自动安装的情况，这时候或许杀毒软件会提醒，但很多时候杀毒软件是不声不响就让那些软件安装完毕。之后当你浏览其他网站时，要么经常弹出一些不知道从何而来的网页，要么就是当打开浏览器就自动跳转到某个网站里……这就是浏览被挂马的网站后遗症了。
二、网站被挂马的后果
如果一个网站被挂马，而该网站的站长又没有及时发现，网站被搜索引擎收录后，那么搜索引擎通过各种网页技术分析发现你的网站存在木马，那就悲哀了。因为这时搜索引擎就会认为你这个网站是一个“黑”网站，于是它就会提醒浏览者，不要进入这个网站，因为这个网站有木马，通常我们经常可以看到如“安全联盟提醒您:该页面可能已被非法篡改!”这样的提示，就是因为网站被挂马篡改页面而出现的后果，所以这是需要防止的。
毕竟网站被挂马后，很容易遭受搜索引擎的降权，到时候不但排名下降，更重要的是你的网站数据也有可能被黑客窃取!
三、如何发现自己的网站被挂马?
笔者登录那个网站时，被杀毒软件提醒，于是打开首页文件进行源代码的检查后才发现被挂马了。笔者所中的这个木马比较麻烦，不仅在HTML文件被挂上，而且连PHP以及TXT都被挂马，以至整个网站数千网页都出现被挂马的情况发生。